Миколаївська митна застава виникла майже одночасно із заснуванням міста Миколаїв. Вона була створена іменним імператорським указом 22 листопада 1793 р. і в перші роки свого існування, як і всі митні установи, була підлегла Комерц-колегії, яка одержувала всі митні прибутки і здійснювала суворий контроль за діяльністю митних органів, а з 1811 р. – Департаменту зовнішньої торгівлі Міністерства фінансів. Зі створенням митних округ Миколаївська митна застава увійшла до складу Одеської митної округи.
Миколаївська митна застава припинила діяльність на підставі розпорядження начальника Одеського митного округу від 28 червня 1861 р. Її функції були передані митному нагляду при брандвахті, який був ліквідований у 1862 р. з утворенням портової митниці.
